विभिन्न कृषि-पारिस्थितिकी तंत्रों के लिए एकीकृत कृषि प्रणाली के भिन्न-भिन्न अवयवों का उपयोग किया जाता है, अर्थात शुष्कभूमि खेली के लिए डेयरी-मुर्गीपालन-बकरी/भेड़पालन-कृषिवानिकी-खेतपोखरा सबसे अच्छा संयोजन है, जबकि तरभूमि कृषि के लिए डेयरी-मुर्गीपालन-कुकुरमुत्ता-मधुमक्खीपालन-मछलीपालन-बत्तखपालन सबसे अच्छा संयोजन है।

वर्षा आधारित क्षेत्रों में एकीकृत कृषि प्रणाली का चयन करते समय नीचे लिखे कारकों पर विचार किया जाता है। मिट्टी का प्रकार, वर्षापात और उसका वितरण तथा उगाई के मौसम की लंबाई मुख्य कारक हैं जो उपयुक्त सालाना फसल, वृक्षों और पशुधन अवयवों का चयन तय करते हैं। किसानों की आवश्यकताएं और संसाधन आधार भी किसी भी खेत में एकीकृत कृषि प्रणाली के अवयवों के चयन का निर्णय करता है।